本作是《铁腕女刑警》的续篇，时间线设定在前作约两年后。宇宙联邦搜查官巴蒂与地球少年千川勉依旧保持 “二心同体” 的状态，此时勉已高中毕业，成为备考大学的浪人。在一次打工中，勉意外卷入阿格尼化学制药公司的人体实验阴谋，沉睡两年的巴蒂因此被再度唤醒。两人以此事件为契机，逐步揭开外星势力与地球企业勾结的黑暗真相，并肩迎战更为巨大的危机。

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