故事的主角是16岁的少年皇昴流，他是有阴阳师的家族皇一门的13代继承人。他和双胞胎姐姐皇北都住在繁华的东京。皇昴流用他的灵能力帮助那些被灵异事件困扰的人。在这个过程中，他遇到了看起来很帅气、神秘的兽医樱冢星史郎。然而，樱冢星史郎的真实身份是暗杀集团樱冢护的头目。昴流小时候曾无意中看到星史郎在樱花树上杀人，因为当时的结界使星史郎无法对昴流下手，所以他抹去了昴流的记忆，并在他身上留下了樱冢护的标记，约定当两人再次见面时相处一年，如果一年之内昴流无法改变他，星史郎就会杀掉昴流。随着故事的发展，各种离奇的灵异事件不断发生，而三人的命运也在不断交织，最终走向未知的方向。
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